Как известно, разработчики с самого начала выделяли руку Рю, говоря, что та окутана "тайной"; метка на ней - это "Проклятье Меча Дракона", которое не будет давать герою покоя на протяжении всей игры. Из-за него мастер меча активно преследуется злостными призраками многих павших от его острого клинка людей.

Рю будет мучаться от внутреннего конфликта, заставляющего вспомнить и обдумать вещи, которые он совершил в прошлом. Это, в свою очередь, будет отражаться в сюжете, мы станем свидетелями драмы.

По словам умов Team Ninja, важную роль будут играть и другие персонажи, например, тот самый человек в маске (Regent of Mask), являющийся не только превосходным алхимиком, но еще и мастерски владеющий мечом. Он будет главным соперником Рю в этой истории и хочет, чтобы герой мучительно страдал.

Еще один персонаж, играющий "одну из важнейших ролей" в Ninja Gaiden 3 - Мидзуки, член Air Self-Defense Force.